NS perbedaan utama antara eksome dan transkriptom adalah bahwa exome adalah urutan lengkap semua ekson dalam gen penyandi protein dalam genom sedangkan transkriptom adalah kumpulan molekul RNA pembawa pesan yang berasal dari gen penyandi protein. Lebih lanjut, eksom mencakup 1-2% dari total urutan genom sementara transkriptom membentuk kurang dari 4% dari total RNA sel.

Eksom dan transkriptom adalah dua kumpulan sekuens dalam gen penyandi protein dalam genom. Keduanya memiliki berbagai aplikasi dalam studi genomik serta dalam diagnosis penyakit.

Area Utama yang Dicakup

1. Apa itu Exome? – Definisi, Fakta, Teknik 2. Apa itu Transkriptom? – Definisi, Fakta, Teknik 3. Apa Persamaan Antara Exome dan Transkriptom? – Garis Besar Fitur Umum 4. Apa Perbedaan Antara Exome dan Transkriptom? – Perbandingan Perbedaan Kunci

Istilah Utama

Ekson, Exome, mRNA, Gen Pengkode Protein, Transkriptom

Apa itu Exome?

Eksom adalah kumpulan ekson dalam gen penyandi protein genom organisme tertentu. Urutan pengkodean genom dikelompokkan menjadi gen, yang dapat dikodekan untuk protein atau RNA. Dalam genom prokariotik, urutan pengkodean tidak terganggu oleh urutan lain sedangkan pada genom eukariotik, urutan pengkodean gen terganggu oleh urutan non-coding yang disebut intron. Oleh karena itu, urutan pengkodean berkerumun disebut ekson.

Gambar 1: Ekson dan Intron

Dalam gen penyandi protein, RNA polimerase mentranskripsikan intron serta ekson ke dalam mRNA prekursor selama transkripsi. Intron yang tergabung dihapus selama modifikasi pasca-transkripsi berikut. Teknologi utama yang digunakan dalam studi exome adalah whole-exome sequencing (WES). WES terlibat dalam hibridisasi DNA yang terfragmentasi dari genom tertentu untuk mengidentifikasi sekuens DNA target diikuti dengan sekuensing.

Apa itu Transkriptom?

Transkriptom adalah kumpulan total mRNA yang diekspresikan dalam sel. Ini menyumbang kurang dari 4% dari total RNA sel. Karena transkriptom menentukan komposisi proteom, transkriptom menentukan kapasitas biokimia sel tertentu. Juga, transkriptom sel tertentu tidak dapat disintesis dan selalu datang ke sel anak dari sel induk selama pembelahan sel. Jadi, transkripsi, yang merupakan proses menghasilkan RNA adalah langkah untuk pemeliharaan transkriptom.

Gambar 2: Transkriptom Sel Pluripoten

Di sisi lain, meskipun setiap sel mengandung informasi untuk produksi seluruh transkriptom spesies, gen pengekspresi dalam sel bergantung pada faktor lingkungan juga. Dua teknologi utama yang digunakan dalam studi transkriptom adalah microarray dan RNA-seq.

Persamaan Antara Exome dan Transkriptom

Perbedaan Antara Exome dan Transkriptom

Definisi

Exome mengacu pada bagian genom yang terdiri dari ekson, yang mengkode informasi untuk sintesis protein sementara transkriptom mengacu pada jumlah total semua molekul RNA pembawa pesan yang diekspresikan dalam gen suatu organisme. Perbedaan utama antara eksom dan transkriptom dengan demikian cukup jelas dari definisi ini.

Makna

Oleh karena itu, eksom adalah set total ekson dalam gen pengkode protein sedangkan transkriptom adalah set total mRNA yang diekspresikan dalam sel.

DNA atau RNA

Juga, eksom terdiri dari DNA sedangkan transkriptom terdiri dari RNA.

Jumlah

Exome mewakili 1-2% dari total genom sementara transkriptom mewakili kurang dari 4% dari total RNA sel.

Tingkat

Perbedaan lain antara eksom dan transkriptom adalah bahwa eksom berada di tingkat genomik sedangkan transkriptom berada di tingkat transkripsi.

Teknik

Selanjutnya, sekuensing seluruh eksom adalah teknik untuk menentukan eksom sementara microarray dan RNA-seq menentukan transkriptom.

Kesimpulan

Eksom adalah seluruh rangkaian ekson dalam genom yang ditentukan oleh WES genom. Oleh karena itu, exome adalah konsep berbasis DNA. Tapi, transkriptom adalah konsep berbasis RNA karena merupakan seluruh rangkaian mRNA sel. Perbedaan utama antara eksom dan transkriptom adalah konsepnya.

Referensi:

1. Warr, Amanda dkk. “Pengurutan Exome: Perspektif Saat Ini dan Masa Depan.” G3: Gen|Genom|Genetika 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Web. 6 September 2018. Tersedia Di Sini2. Coklat TA. genom. edisi ke-2. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Bab 3, Transkriptom dan Proteom. Tersedia disini

Gambar Courtesy:

1. "DNA ekson intron" Oleh National Human Genome Research Institute - (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia 2. "Transkriptom sel pluripoten" Oleh Grskovic, M. dan Ramalho-Santos, M., Transkriptom pluripoten (10 Oktober, 2008), StemBook, ed. Komunitas Penelitian Sel Punca, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. – [1] DirectStemBook Gambar 2 Transkriptom sel pluripoten. Grskovic, M. dan Ramalho-Santos, M., Transkriptom pluripoten (10 Oktober 2008), StemBook, ed. Komunitas Penelitian Sel Punca, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) melalui Commons Wikimedia